از نظر ترکیب، به طور کلی پروتئین های گیاهی معمولاً از نظر یک یا چند اسید آمینه ضروری، کمبود دارند برخی اسیدهای آمینه که به طور طبیعی در بدن ساخته می شوند، به نام اسیدهای آمینه غیرضروری خوانده می شوند. در صورتیکه بدن، آنزیم های لازم برای ساخت برخی از اسیدهای آمینه را نداشته باشد، به آن دسته، اسیدهای آمینه ضروری می گویند. یعنی اگر در برنامه غذایی مصرف نشوند، علایم کمبود آن اسیدآمینه در بدن ظاهر شده و عوارضی را به دنبال خواهد داشت. پروتئین های حیوانی تقریباً کامل هستند و ترکیب اسید آمینه آنها کمبودی ندارد، اما پروتئین های گیاهی از نظر یک یا چند اسید آمینه محدودیت دارند.

پروتئین سویا از نظر اسید آمینه متیونین که ضروری هم هست کمبود دارد اما جالب است که بدانید اگر ما پروتئین های گیاهی مختلفی را مصرف کنیم که از نظر اسیدهای آمینه متفاوتی کمبود دارند، می توانند همدیگر را تکمیل کنند مثلاً در غلات، پروتئین موجود در نان، گندم و برنج از نظر اسید آمینه لیزین محدودیت دارد. و در نتیجه اگر غلات و حبوبات با هم مصرف شوند اسیدهای آمینه آنها همدیگر را تکمیل می کنند و به عبارت دیگر اسید آمینه سویا از این نظر مشکلی ایجاد نکرده و همان مرغوبیت پروتئین گیاهی را دارد.